Egresada en 1994 de la Escuela de Música Popular de Avellaneda (EMPA), en la carrera de flautista especializada en jazz. Ha cursado estudios particulares de canto, flauta, piano y composición. Se formó en el área pedagógica con Pepa Vivanco, Luis Pescetti, Judith Akoschk y Silvia Altman. Desde hace 25 años se dedica a la docencia para niños, especializándose en el trabajo de iniciación musical en forma grupal. 

Comenzó su carrera en la música infantil en 1990 y formó parte hasta 1994 del espectáculo Ruidos y Ruiditos en Concierto, bajo la dirección de Judith Akoschky. Así recorrieron canciones del repertorio tradicional infantil argentino y del mundo a través de una exploración de sonidos cotidianos (cotidiáfonos) como sonoridad característica. Luego integró el dúo Encuentro con vientos, junto a Silvia Altman, con el que presentaban juegos, cuentos, rimas y canciones por medio de arreglos musicales sencillos y una variedad de aerófonos: sikus, quena, tarka y la familia de flautas dulces, flauta traversas, saxofón, entre otros. Con ambos espectáculos recorrió una gran cantidad de jardines de infantes y escuelas de la capital federal y la provincia de Buenos Aires.

En el 2000 presentó su primer disco Barcos y mariposas, con canciones casi todas de su autoría y en las que marcaba ya, en esa primera obra, un estilo y una mirada personal de la canción para niños que fue profundizándose en sus siguientes discos. A este le sucedieron Barcos y mariposas 2, 3, 4 y 5, saga que se completó en el 2018.

Con su banda Barcos y Mariposas en Vivo recorrió —y sigue recorriendo— muchísimos teatros de Buenos Aires, entre ellos el Coliseo, ND Ateneo, La Trastienda, el Teatro San Martín, la Usina del arte, el CCK y Tecnópolis, entre otros, como también casi todas las provincias de Argentinas, Uruguay, México y Colombia. Pueden verse en YouTube videoclips de muchas de sus canciones, así como filmaciones de recitales en distintos momentos de su carrera. Mariana Baggio fue postulada a los Premios Gardel con Barcos y Mariposas 4, Barcos y Mariposas 5 y La tarara.